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在葡萄牙人征服南大西洋时，他们在航海技术上处于领先地位。他们乐于从外国学者（其中许多是犹太人）那里学习，得到可以直接应用的知识。西班牙在1492 年下令，规定本国的犹太人必须皈依基督教，否则就离开西班牙，这些犹太人中有很多都逃难至葡萄牙境内，在那里尽管也有反犹太情绪，但相对而言还是宽松一些。但是1497年，罗马教廷和西班牙向葡萄牙国王施压，让他放弃这种对异教徒的容忍。大约有7万犹太人被迫接受了形式上的、但从礼仪上看还是有效的洗礼。1506年，里斯本进行了第一次血腥大屠杀，有2000多名已“皈依基督教”的犹太人丧生（西班牙像这样做了将近200年）。从此以后，葡萄牙的精神生活和科技事业停滞不前，陷入了盲从、狂热和讲究血统纯净的境地。
这种下降的趋势是逐步的。葡萄牙到16世纪40年代才建立宗教裁判所，它于1543 年第一次对异端分子施以火刑；但是葡萄牙的宗教裁判所是直到16世纪80年代，自葡萄牙和西班牙合并于腓力二世的统治之下后，才真正变得残忍恐怖。这个时候，隐蔽着的犹太教徒.包括亚伯拉罕·扎库特等天文学家在内，都纷纷逃离葡萄牙以求保全性命。他们带走的不仅是钱、经商技能、生意关系和知识，而且还有——甚至是更重要的——那些无可估量其重要性的、在思想上起催化作用的两个主导因素：好奇心和敢于持有异议。
这是一个损失，但是从不容异说这方面来看，宗教迫害者们最大的损失莫过于他们强加给自己的打击。正是这种自我缩小的过程加大了宗教迫害的持久性，使之不仅仅是持续一时或一代人的时间，而是持续几代人和几个世纪。到1513年，葡萄牙已缺乏天文学家；到16世纪20年代，科学界的领头人都出走了。葡萄牙曾试图建立新的、基督教的天文学和数学传统，但失败了，其中一个并非不重要的原因是，好的天文学家大都被怀疑是犹太教徒[插图]（与西班牙的宗教裁判所对医生们的猜疑颇为相似）。
到1600年，尤其是到1700年，葡萄牙已成为一个落后的弱国。昔日那些表面上皈依基督教的犹太科学家、数学家和医师都逃走了；没有敢持异议的人来接替他们。 1736年，多姆·路易斯·达·库尼亚叹息说，可惜葡萄牙没有改革派（加尔文教派）那样的人。他指出，法国人正是由于天主教会受到了胡格诺教派的挑战，才得以避免落到他们的葡萄牙兄弟如此的“悲惨”田地。话很刺耳，但一语破的。如果说商品上的互通有无很重要，那么思想上的互通有无要更加重要得多。
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国富国穷