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大约60年前，分子生物学家开始明白：动植物体内的化学分子可以当作“时钟”，用来测量两个物种的遗传距离和确定它们在演化史上的分化时间。其中的逻辑如下。
假定所有生物体内都有一类分子，这类分子在每个物种中都有特定的构造，而那些构造是由遗传密码决定的。再假定分子的构造会因基因突变而逐渐变化，且其在所有物种中的变化率都一样。源自同一共同祖先的两个物种体内的这个分子，起先构造应该完全一样，因为都是从共同祖先那里遗传来的。但是这两个物种分别演化以后，基因组中的基因突变就各自独立累积，使这个分子的结构逐渐变化。因此，这两个物种的这个分子会逐渐出现结构差异。如果我们能够算出平均每 100万年会发生多少结构变化，任何两个有亲缘关系的物种在分子结构上的差异，就可以被当作一个时钟来计算这两个物种已经和共同祖先分化多久了。
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第三种黑猩猩